Аладжа манастир е разположен на 17 км. североизточно от морската ни столица в отвесен скален масив на франгенското плато, висок почти 40 метра. Той се причислява към значителна група естествени пещери, част от меките варовикови утайки на дъното на древното Сарматско море. Истинското християнско име на манастира е неизвестно. Има предположения, че името "аладжа" идва от времето на турско иго. Аладжа в превод от арабско-персийски означава пъстър, шарен - име дадено му вероятно на запазилите се до онова време стенописи от параклиса.
Братя Шкорпил извършват първите проучвания на обекта, като грижа за неговото стопанисване поемат Варненско археологическо дружество и музей.
Скалната обител Аладжа манастир е изградена от две равнища, като на първото са манастирска църква, верига от монашески килии, църква за заупокойни молитви, кухня с трапезария, крипта. На второто ниво се намира естествена голяма скална ниша, в края на която е разположен малък параклис до който се стигало чрез дървена стълба от долния етаж където се намирала църкавата за заупокойни молитви. Благодарение на трудния достъп тук оргиналните средновековни стенописи са съхранени най-добре.
На запад в близост до манастира в гъстата растителност на природен парк "Златни пясъци" се намират още една група пещери, наречени "Катакомбите" - вероятно отшелнически килии и гробници на монаси на три нива. Предполага се, че са обитавани през раннохристиянската епоха (IV-VI век). Като доказателство за тези твърдения се смята откриването на фрагменти от керамика, монети и врязани кръстове. По-късно, през XIII-XIV, "Катакомбите" и "Аладжа" манастир оформят един по-голям монашески комплекс.
На територията на комплекса се намира и музей , в който интерес за посетителите представлява възстановката на Аладжа манастир и "Катакомбите", икони и църковни принадлежности. На втория етаж се намират част от подови мозайки на втората Раннохристиянска базилика открита на ул."Хан Крум".