Варненският археологически музей възниква благодарение на Варненското археологическо дружество по инициатива на Карел и Херман Шкорпил.
На 11 юни 1906 г. в сградата на Девическата гимназия е открита първата му експозиция. Именно там се помещава и днес музея.
Карел Шкорпил заема пръв поста на директор на музея и остава на него до смъртта си през 1944 г.
Археологическият музей заема 2000 кв.м.площ и има 32 зали, в които посетителите могат да се насладят на неговите постоянни експозиции: Праистория, Античност, Средновековие, Възрожденски иконопис. В него е експонирано и най-старото златно съкровище в света. Неговата възраст датира от преди 4000г.пр.хр.
Един от най-поразителните експонати, които могат да се видят в музейната сбирка, е златният жезъл. Не по-малко интерес предизвиква и пренесеният тук гроб № 43 със скелет на четиридесет - петдесет годишен мъж, покрит с повече от 100 златни украшения.
Първите археологически материали са били събрани от Карел Шкорпил и Анание Явашов в през 1887г и на 3 юни 1887 с наличните находки уреждат музей в Градската библиотека. Четири години по-късно по заповед на тогавашното Министерството на Народното Просвещение (1892г.), варненските дейци изпращат сбирката в София за създаване на централен музей (1893г).
Година по късно (1894г) Карел Шкорпил урежда нова музейна сбирка, която пренася в Девическа гимназия (1895г). В продължение на няколко години археологическата сбирка се помещава в сутерена на Девическата гимназия. През 1906 тържествено в помещение на тавана на гимназията е открит Окръжен музей.
През 1993 сградата е изцяло заета от възстановения Археологически музей