Апартаментите Борджия са група от апартаменти разположени в Апостолическия дворец във Ватикана.
Апартаментите били приспособени за лична употреба от папа Александър VI (Родриго де Борджия). Те са обособени в шест зали, като всяка от тях носи различно име, което е в зависимост от стенописа й - "Зала на папите", "Зала на житията на светиите", "Зала на науката и изкуствата", "Зала на тайнството на вярата".
Папа Юлий II кани трима от най-великите гений на Ренесанса да работят в залите. Това се дължи основно на възхода и нарастващото могъщество на Ватикана.
Първият от великите творци е Донатело Браманте. Той е назначен за главен архитект. Именно Браманте започва значително преустройство на папските дворци.
Микеланджело и Рафаел също участват в работата по "Апартаментите Борджия".
Горната част на стените и сводовете не са покрити с картини, но са допълнително украсени с деликатна циментова замазка.
Тъй като апартаментите били тясно свързани с падението на Борджиите те били изоставени през 1503 г. след смъртта на папа Александър VI.
През 1889 г. папа Лъв XIII възстановява стаите и ги открива за обществено посещяние.
Повечето стаи се използват за събиране на Ватиканската Колекция на модерно религиозно изкуство, началото на което е сложено от папа Павел VI през 1973 година.
Колекцията включва около 600 произведения - живопис, скулптура и графика; дарения на съвременни италиански и чужди художници, както и творби на Гоген, Шагал, Клее, Кандински.